El Museo «Pedro Pablo Caballero» tiene sus raíces en una colección inicial de trofeos de guerra de 1864-1870, que fue inaugurada el 12 de agosto de 1959. En esa época, también se almacenaban objetos de arte sacro. La inauguración fue presidida por la Señora Magee de Kolinski, esposa del Historiador Norteamericano Charles Kolinski, y contó con la presencia de autoridades como el entonces Ministro del Interior, Edgar Insfran.

En los años siguientes, una parte de esta colección se trasladó al museo Monseñor Palacios en Luque. Sin embargo, en 1969, los trofeos de guerra y objetos religiosos fueron nuevamente reunidos gracias a los esfuerzos de la Hermana Margarita Duran Estragó. La colección fue oficialmente inaugurada el 11 de agosto de 1969, coincidiendo con el centenario de la Batalla de Piribebuy.

Finalmente, el Museo Histórico “Comandante Pedro Pablo Caballero” fue fundado por los Veterano de la Guerra del Chaco, bajo la presidencia del Tte. 1° de Reserva Alfredo Bernal y el Cnel. Manuel W. Chávez. Primeramente, funcionaba en el local frente a la Plaza de los Héroes, sito en la calle R.I.8 Piribebuy casi Maestro Fermín López.

En el año 1994 a través de las gestiones del Intendente Blas Gerónimo Chaparro, la Municipalidad cedió el local donde actualmente funciona, Mcal Estigarribia y Yegros.

Así, el Museo «Pedro Pablo Caballero» se convirtió en un lugar de memoria y educación, preservando tanto los recuerdos de conflictos pasados como la riqueza cultural y religiosa de la región.